François Ménissier a reçu pour l’orgue l’enseignement de Françoise Billiot, Bernard Lagacé, Norbert Pétry, André Stricker et Louis Thiry. Lauréat du Concours International J. S. Bach de Toulouse et  titulaire de 1989 à 2003 du grand orgue Silbermann de l’Eglise Saint-Thomas de Strasbourg, il est depuis 2000 professeur d’orgue au Conservatoire à Rayonnement régional de Rouen, titulaire du grand orgue Clicquot de l’Eglise Saint-Nicolas-des-Champs à Paris. Il est également organiste au Temple Saint-Éloi de Rouen et conservateur de l’orgue Renaissance de Mont-Saint-Aignan (Seine-Maritime). 

Il s'est produit dans la plupart des pays d'Europe ou au Japon, en soliste ou comme partenaire, entre autres, de la Psalette de Lorraine, la Maîtrise de Haute-Bretagne, Françoise Masset (soprano), Luc Marchal (hautbois baroque), Volny Hostiou (serpent), Jacques Bona (basse), l’Ensemble Gilles Binchois et Dominique Vellard, le Chœur de Chambre de Namur, l’Ensemble Les Meslanges et Thomas van Essen, l’Ensemble A Sei Voci, etc.

Son activité de musicien est enrichie d’un vif intérêt pour la restauration et la conservation des instruments anciens et pour l’histoire de la facture d’orgues. Auteur de recherches sur la lignée des facteurs d’orgues Verschneider (18e et 19e siècles) et de l’Inventaire des Orgues de Moselle (1988-1999), François Ménissier est membre de la Commission nationale du patrimoine et de l'architecture depuis 1998 et conseiller pour les orgues de la Ville de Rouen. Depuis 2017, il préside l'Association Aristide Cavaillé-Coll.

Discographie : Bach, Boehm, Boëly, Brahms (Diapason d’Or 2004), Mendelssohn, Rheinberger, Titelouze (Tempéraments/Radio-France, Hortus, Wergo/Schott, K.617, Adda, Psalums, Paraty). Enregistrements radiophoniques pour France-Musiques, Radio Südwestfunk, K.-Radio-Omroep-Holland, la Radio nationale finlandaise, et la Radio Télévision Belge Francophone.